SetHwPacketFilter выставляет аппаратный фильтр на сетевой карте, наиболее часто встречающийся пример это перевод сетевого интерфейса в promiscuous mode. То есть прямого отношения к фрагментированным пакетам эта ф-ция не имеет.
Что значит “имеющимся функциями фильтрации, работать с фрагментированными пакетами” мне непонятно. С фрагментированными IP пакетами можно работать точно так же как и с любыми другими.